人乳头瘤病毒（HPV）分为两类：1）致癌型（高危型）和2）非致癌性。感染高危型HPV通常是宫颈鳞癌的的必要非充分条件。因此，只有一小部分感染高危型HPV的人会进展为明显的宫颈病变和癌。绝大多数HPV感染都是一过性的，进展的风险较小。仅有小部分感染会持续存在，但是初始感染1年和2年后感染仍然持续强烈预示着发生CIN3或癌的潜在风险增加。

何种因素决定了哪种HPV会发生持续性感染还不完全清楚。HPV的基因型似乎是决定持续感染和病情进展的最重要因素。HPV-16具有最强的致癌能力，全世界55-60%的宫颈癌和它有关。HPV-18是第二常见的致癌类型并且和10-15%的宫颈癌相关。大约还有12种类型的HPV和剩余的宫颈癌病例有关。已知的能够增加HPV持续感染的因素包括：吸烟、免疫系统功能抑制和HIV病毒感染。HPV感染在青少年和早期20-30岁年龄段的女性中最常见，24-27岁区间流行率降低。大多数青年女性，尤其21岁以下的女性，能够产生有效的免疫反应，从而在平均8个月的时间里清除病毒或者在8-24个月内将病毒载量降低到无法测出的水平。随着感染的清除，该人群的绝大多数宫颈瘤变也将自发消失。

30-65岁人群HPV感染后的自然病史和年龄似乎不相关。无论30岁还是以上年龄的女性，新感染的HPV依旧较少可能变成持续性感染。但是，30岁以上才发现的HPV感染更可能反映的是持续感染。这一点和年龄愈大、发生HISIL的几率越高也是相符的。

低级别瘤变（或CIN1）反映了急性HPV感染，有很高的比率可自然消退到组织学正常状态，所以目前的推荐是观察而不是治疗。CIN2的临床处理还有争议，因为准确诊断和理想的处理方案都尚存挑战。CIN2的诊断存在高度的观察者间变异。另外，CIN2的预后似乎反映了低级别和高级别病变共同混合作用的结果，而不是一种特殊的中间型病变。考虑到CIN2这一分类的局限性，ASCCP和美国病理学家协会将CIN2分为2个类型：低级别鳞状上皮内病变（LSIL）和HSIL。在一组未经治疗的CIN3患者队列中，30年浸润癌累计发生率为30.1%，这一点证明CIN3有进展为癌的明确风险。

在评估合适的筛查间隔时，考虑疾病的进展时间是很重要的。大多数HPV相关的宫颈肿瘤进展缓慢。CIN3进展到癌的明确时间还不明确，但是从筛查发现CIN3的年龄和癌发生的年龄之间的差异达到10年，提示癌前状态的持续时间比较长。这一点支持采用较低频的筛查策略（如间隔>1年）。