1、遗传因素：20%左右的兔唇病例有遗传史，多数患儿直系或旁系亲属中可找到同样病例。若父母某方有兔唇，其子女发病率上升为2.6%-5.6%（父患兔唇，子女患病率为3%左右；母患兔唇，子女患病率达14%）。健康父母生育一个有兔唇的孩子，第二胎兔唇几率为4%，第三胎兔唇几率为9%。近亲结婚、父母双方生育年龄大，后代患兔唇的风险就越高。
2、病理原因：女性孕期患有贫血、糖尿病、严重营养障碍等慢性疾病。
3、损伤和感染：怀孕初期母亲感染过病毒，如流感、风疹等。
4、药物原因：孕期母亲接受镇静药、抗癫痫药及激素类药、安眠药、抗过敏药、苯妥英那、肾上腺皮质激素、环磷酸胺等均可导致胎儿畸形。
5、放射性物质：孕期母亲接受过大剂量X线照射等放射线或放射性物质导致胎儿兔唇。
6、病毒感染：孕初遇风疹病毒感染等可能成为胎儿兔唇原因。
7、营养因素：孕期呕吐和偏食导致维生素缺乏（如维生素A、E）可能造成胎儿兔唇发生。
8、内分泌因素：孕初孕妇因为精神紧张、受到外伤等促使肾上腺皮质激素分泌增加可能导致胎儿兔唇等畸形。
9、不良生活习惯：孕期女性有吸烟、酗酒等生活习惯，以及食物中缺乏叶酸、维生素A、B均可能导致胎儿兔唇等畸形。