疱疹性咽峡炎也是一个容易与手足口病相混淆的疾病，它两都可出现口腔疱疹，但其实质还是存有很大差别的。疱疹性咽峡炎常有骤起高热，一般发烧期可持续4-6天，长的也可以达一周，并伴有咽部充血，在咽腭弓、软腭、悬雍垂的黏膜上可见多个约2-4mm大小的灰白色的疱疹，周围有红晕，一两天后，疱疹可破溃形成小溃疡而让宝宝口腔疼痛加剧而不敢进食，疱疹性咽峡炎的疱疹仅限于口腔，而手足口病的患儿多是先有口腔疱疹，然后发展到手心、脚心、臀部出现小米粒或绿豆大小的疹子。