肛瘘多为一般化脓性感染所致，少数为特异性感染。如结核、克隆病。溃疡性结肠炎更少见，直肠肛管外伤继发感染也可形成肛瘘。直肠肛管恶性肿瘤也可溃破成瘘管，但都少见，与一般化脓性肛瘘有明显区别。
引起肛瘘的常见病因：
一、性激素因素，雄激素分泌过量可能与男性好发肛瘘有关。据统计临床上新生儿肛瘘较多（男性多），儿童极少，青壮年男性最多，老年罕见，主要原因是新生儿母体雄性激素和新生儿副肾雄激素较强有关，青春期人体自身性激素开始活跃，随即一部分皮脂腺，由其是肛腺开始发育增殖，男性较女性明显，而老年雄性激素水平下降，肛腺萎缩，肛腺感染机会减少。
二、特殊感染，结核杆菌，放线菌感染直肠癌，多发性直肠息肉等感染可并发肛瘘。
三、肛门静脉回流不畅，局部经常淤血，组织营养不良，影响愈合。结核杆菌、放线菌等感染所形成的脓肿，克隆氏病等难以自愈而形成特殊性肛瘘。
四、邻近器官疾病，如骶骨结核，骨髓炎，骶前囊肿感染切开排脓或溃破后形成肛瘘。
五、直肠内有一定的压力，将直肠感染物质如粪便、气体，可经常不断地从内口进入瘘道，刺激腔壁，继发感染后由外口排出，也是造成瘘道的原因。
六、过食肥甘厚味，醇酒，劳伤忧思，房劳过度也会引起肛瘘。
由于肛瘘疾病对患者的潜在威胁是非常大的，所以，建议在出现肛瘘疾病时，及时治疗，并且最好是以预防为主，肛瘘这种疾病虽说短期之内一般不会引起并发症，但若是时间长了，也并不是非常容易治愈的。